分别以A链和B链为靶蛋白受体与罗格列酮进行分子再对接试验后，发现A链再对接结果呈现了所有关键的配体-受体氢键组合。对于B链，大部分的再对接构象缺乏与氨基酸残基His449和Glu286之间的氢键结合。同时，A链被认为与激活态的PPAR-γ蛋白结构相近[11]。因此，A链被选定用于PPAR-γ激动活性成分的分子对接试验。

    3.2.2 PPAR-γ LBD中水分子的选择保留 PPAR-γ LBD尾部结合口袋未与罗格列酮形成氢键结合，且大的结合口袋允许诸多自由水分子的存在，并与罗格列酮存在范德华力等相互作用，尤其H2O604(注：604以及后文的308是水分子的标号，此标号为2PRG中固有标号)(见图 1中标出的水分子)与罗格列酮分子吡啶环上的N原子形成了氢键结合，这对于罗格列酮在PPAR-γ LBD内构象的稳定起着重要作用。鉴于此，本研究选择了A链PPAR-γ LBD尾部结合口袋内的若干重要水分子进行考察，保留不同的水分子组合进行再对接试验，最终选定H2O308、H2O339、H2O444和H2O467(A链水分子的标识号在.mol2 格式的文件中的编号有所变化 ......