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编号:13173439
中药材DNA条形码分子鉴定指导原则(5)
http://www.100md.com 2013年1月15日 《中国中药杂志》 2013年第2期
     序列质量判断标准采用国际DNA条形码协会(CBOL)通用的标准[10],即:以20 bp的窗口分别从序列5′端和3′端进行滑动,如果窗口内有多余2个碱基的Q小于20,则删除一个碱基,窗口继续滑动一个碱基,如果窗口内碱基Q小于20的数目小于或等于2个,窗口停止滑动。测序结果的剩余部分需大于150 bp,且平均Q大于等于30。

    2.4.3 保证序列和基原样品的一致性 除实验过程规范操作外,采用严格校对机制,即BLAST分析防错、系统树分析防错、barcoding gap检验防错,确保实验获得的序列和基原样品的一致性,避免在实验过程中由于操作不当引入的真菌污染和样品交叉污染。

    BLAST分析防错:基于局部序列比对,对数据库进行快速搜索,其特点是仅搜索序列之间高度相似的区域,可以兼顾搜索的精确性和搜索的速度,是目前应用最广泛的序列相似性搜索工具之一 ......
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